Η Ιθάκη κατοικείται συνεχώς εδώ και 6.000 χρόνια. Ανάλογα με τις διαφορετικές περιόδους και τις συνθήκες που επικρατούσαν παρατηρήθηκε αυξομείωση του πληθυσμού, αλλά ακόμα και κατά τις περιόδους της μεγαλύτερης παρακμής δεν ερημώθηκε ποτέ.
Ερείπια κτηρίων στην περιοχή της Β. Ιθάκης αποδεικνύουν ζωή από τη Νεολιθική Περίοδο (4000-3000 π.Χ.). Μορφές οργανωμένης ζωής παρουσιάζονται και κατά τον Πρωτοελλαδικό Πολιτισμό (3000-2000 π.Χ.) όπως μαρτυρούν τα ίχνη από συνοικισμό, δρόμο και τείχος στα Πηλικάτα και κάποια ευρήματα στο Σπήλαιο του Λοΐζου. Σύμφωνα με γραπτές μαρτυρίες, αλλά και από ποικίλα αρχαιολογικά ευρήματα σε ανασκαφές του 19ου και 20ου αι., η Ιθάκη φτάνει στο μεγαλύτερο σημείο της ακμής της κατά την Προμυκηναϊκή Περίοδο (2000-1500 π.Χ.) και ιδιαιτέρως στη Μυκηναϊκή Περίοδο (1500-1100 π.Χ.). Το νησί της Ιθάκης ήταν πρωτεύουσα του κράτους των Κεφαλλήνων, που περιελάμβανε τα γύρω νησιά, καθώς και τμήματα της ηπειρωτικής Ελλάδας και υπήρξε ένα από τα πιο ισχυρά κράτη της εποχής. Οι κάτοικοι του νησιού χαρακτηρίζονταν ως μεγάλοι θαλασσοπόροι και ερευνητές. Μετά την παρακμή και κατάρρευση του κράτους των Κεφαλλήνων η Ιθάκη καταλήφθηκε από τους Δωριείς (Δωρική Περίοδος 1100-800 π.Χ.). Κατά την περίοδο της Αρχαίας Ελληνικής Ακμής (800-180 π.Χ.) η παρακμή της Ιθάκης -αποτέλεσμα της Δωρικής κατοχής- συνεχίστηκε, ωστόσο το νησί δεν έπαψε να κατοικείται οργανωμένα, ιδιαίτερα στο βόρειο τμήμα του.
Η Ρωμαϊκή Κυριαρχία (180 π.Χ.-394 μ.Χ.) δεν αλλάζει ιδιαίτερα την κατάσταση. Το νησί εξακολουθεί να κατοικείται οργανωμένα και ανήκει στην επαρχία της Ιλλυρίας. Οι περισσότεροι κάτοικοι ζουν στα βόρεια του νησιού. Η ειδωλολατρία κυριαρχεί μέχρι και τους τελευταίους χρόνους της εξάρτησης, όπως μαρτυρούν ίχνη λατρείας προς τις θεότητες και τον Οδυσσέα. Οι Ρωμαίοι παρέμειναν στο νησί μέχρι το 394 μ.Χ. Από το 394 μ.Χ. η Ιθάκη περιέρχεται στην Βυζαντινή Αυτοκρατορία. Καθιερώνεται η Χριστιανική λατρεία και κτίζονται εκκλησίες και μοναστήρια. Κατά την Βυζαντινή Περίοδο (394-1185 μ.Χ.), η Ιθάκη προσαρτίζεται στην Κεφαλονιά και ανήκει στην επαρχεία της Ηπείρου. Η κατάληψη της Ιθάκης και των γειτονικών νησιών από τους Νορμανδούς (1185-1204 μ.Χ.) οριοθετεί την Μεσαιωνική Περίοδο, με αλλεπάλληλες αλλά σύντομες κτήσεις. Κατά το Μεσαίωνα υπήρξε σημαντική μείωση του πληθυσμού, λόγω των συνεχών πειρατικών επιδρομών.
Το 1479 οι Τούρκοι αποβιβάζονται διαδοχικά σε Λευκάδα, Κεφαλονιά, Ιθάκη και Ζάκυνθο, πυρπολούν τους οικισμούς, λεηλατούν, σκοτώνουν και αποχωρούν με αιχμαλώτους για την αποίκηση της Κωνσταντινούπολης. Η Ιθάκη σχεδόν ερημώνεται, καθώς οι περισσότεροι από τους κατοίκους που διασώθηκαν την εγκαταλείπουν. Το 1499 αρχίζει ο Ενετοτουρκικός πόλεμος και η Ιθάκη και τα γειτονικά νησιά πολιορκούνται από τους ενετικούς και ισπανικούς στόλους. Από το 1500 αρχίζει σταδιακά η κατάκτησή τους και τελικά, το 1503, η Ιθάκη, η Κεφαλονιά και η Ζάκυνθος περιέρχονται στους Ενετούς ενώ η Λευκάδα στους Τούρκους. Το 1504 αρχίζει επίσημα η Ενετική Κυριαρχία, ορίζεται αρμοστής στην Ιθάκη και προσελκύεται πληθυσμός με κίνητρα την παραχώρηση γης και την απαλλαγή φορολογίας για πέντε χρόνια.
Αμέσως μετά την επικράτηση της Γαλλικής Επανάστασης, τα Επτάνησα περιέρχονται στους Γάλλους Δημοκρατικούς (1797-1798 μ.Χ.). Διαιρούνται διοικητικά και δημιουργείται τιμητικά ο νομός Ιθάκης, που περιλαμβάνει τα νησιά Κεφαλονιά και Λευκάδα καθώς και περιοχές της ηπειρωτικής Ελλάδας. Οι κάτοικοι του νησιού δέχονται στην αρχή με ενθουσιασμό τους Γάλλους, οι οποίοι φροντίζουν για τον εκσυγχρονισμό της διοίκησης και της δικαστικής εξουσίας. Νέες ιδέες, νέα συστήματα, νέες κοινωνικές αντιλήψεις κάνουν την εμφάνιση τους. Στα τέλη του 1798, τους Γάλλους διαδέχονται ομαλά Ρώσοι και Τούρκοι (1798-1807 μ.Χ.), που ήσαν τότε συμμαχικές δυνάμεις. Ιδρύεται το Ιόνιο Κράτος με πρωτεύουσα την Κέρκυρα, το πολίτευμα είναι δημοκρατικό και η εξουσία ασκείται από 14μελή Γερουσία, στην οποία η Ιθάκη συμμετέχει με έναν αντιπρόσωπο. Δίνεται μεγάλη ώθηση στη ναυτιλία, καθώς τα θιακά πλοία είναι ελεύθερα να διαπλέουν τον Εύξεινο Πόντο και να μεταφέρουν εμπορεύματα στη Μαύρη Θάλασσα.
Το 1809, οι Άγγλοι κατακτούν την Ιθάκη και τα υπόλοιπα νησιά του Ιονίου μετά από πολιορκία. Συστήνεται το ανεξάρτητο κράτος «Ενωμένες Πολιτείες των Ιονίων Νήσων» κάτω από την αγγλική κυριαρχία (1809-1864 μ.Χ.), το οποίο κυβερνάται συνταγματικά με το πολίτευμα που καθιερώθηκε το 1817. Κατά την περίοδο της ελληνικής επανάστασης ενάντια στους Τούρκους πολλοί αγωνιστές, αλλά και πληθυσμός από την Στερεά Ελλάδα, βρίσκουν καταφύγιο στην Ιθάκη, όπου επικρατούσε φιλελεύθερο πνεύμα. Αρκετοί Θιακοί βρέθηκαν στο στόλο και το στρατό της επανάστασης, ενώ αναφέρονται 27 ανάμεσα στα ιδρυτικά μέλη της Φιλικής Εταιρείας. Ο πληθυσμός μεγαλώνει σταθερά και, στο τέλος της περιόδου, πλησιάζει τις 15.000, δημιουργείται ο πρώτος πυρήνας μεταναστών στη Ρουμανία, το ποσοστό των ναυτικών αυξάνεται και πολλοί Θιακοί κατέχουν αξιόλογες επιστημονικές ή οικονομικές θέσεις σε ευρωπαϊκές χώρες. Η Ιθάκη μπαίνει στο δρόμο του εκσυγχρονισμού, κατασκευάζεται οδικό δίκτυο και προοδεύει σημαντικά σαν εμπορική και ναυτική δύναμη. Η λειτουργία ναυπηγείου είναι ένας ακόμα καθοριστικός παράγοντας ανάπτυξης. Η εκπαίδευση των νέων γίνεται σε ιδιωτικά και κοινοτικά σχολεία που ιδρύθηκαν στους μεγαλύτερους οικισμούς, η παραγωγή βελτιώνεται, η ανταλλαγή προϊόντων με άλλα μέρη πολλαπλασιάζεται και παρατηρείται αναβάθμιση της οικονομικής και κοινωνικής ζωής.
Η ένωση των Ιονίων Νήσων με την Ελλάδα γίνεται την 21η Μαΐου 1864. Η αλλαγή εξουσίας στην Ιθάκη έχει εορταστικό χαρακτήρα, με δοξολογίες και κανονιοβολισμούς. Την διαφύλαξη της τάξης στο νησί αναλαμβάνει αρχικά λόχος που δημιουργήθηκε γι’ αυτό το σκοπό και αποτελείται από 100 νέους Θιακούς. Προς το τέλος του 19ου αιώνα, η μετανάστευση προς τις παραδουνάβιες χώρες, Ρωσία και Ρουμανία, έχει πάρει μεγάλες διαστάσεις. Η Θιακιά παροικία αποτελείται από 1000 περίπου άτομα, που κατέχουν αξιόλογες θέσεις στη ναυτιλία και στο εμπόριο κρασιού, ελαιολάδου και σταφίδας. Στην Ιθάκη, οι μόνιμοι κάτοικοι ασχολούνται κυρίως με την καλλιέργεια, την κτηνοτροφία, το εμπόριο, τις τέχνες και συμπληρωματικά με την αλιεία.
Από την αρχή του 20ου αιώνα, η οικοδόμηση και αξιοποίηση των κτηρίων που ήδη υπάρχουν μπαίνει σε νέες βάσεις. Στα καινούργια έργα περιλαμβάνονται δημοτικά σχολεία σε όλα τα χωριά, ανώτερα σχολεία, άσυλο ανιάτων, δίκτυο ύδρευσης, εργοστάσιο ηλεκτροφωτισμού στο Βαθύ, ενώ επεκτείνεται και το υπάρχον οδικό σύστημα. Καθώς το μορφωτικό επίπεδο βελτιώνεται, η πνευματική ζωή γίνεται πιο έντονη. Το 1910 ιδρύεται Φιλαρμονική στο Βαθύ και το 1928 αρχίζει η έκδοση τοπικής εφημερίδας καθώς και τακτικές εκδόσεις της ένωσης Ιθακησίων. Κατά τον Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο πολλά πλοία χάνονται και η δυνατότητα μεταφοράς προϊόντων από το νησί σε άλλα λιμάνια περιορίζεται. Την ίδια εποχή αρχίζει και η παρακμή της παροικίας στο Δούναβη, ενώ ξεκινά η μετανάστευση σε άλλα μέρη όπως Αμερική, Ν. Αφρική και Αυστραλία, μειώνοντας σημαντικά τον μόνιμο πληθυσμό του νησιού και κατ' επέκταση της ντόπιας παραγωγής. Κατά το Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο, ενώ η Ελλάδα κατέχεται από τις δυνάμεις του Άξονα, τα Επτάνησα περιέχονται στην Ιταλία. Σύντομα δημιουργούνται αντιστασιακές ομάδες. Η Ιθάκη συμμετέχει στην εθνική αντίσταση με αρκετά θύματα. Το 1943 οι Γερμανοί αντικαθιστούν τους Ιταλούς και παραμένουν στο νησί μέχρι την ήττα του Άξονα και την απελευθέρωση (1944). Την περίοδο της κατοχής, ο απομονωμένος πληθυσμός μοναδικό τρόπο επιβίωσης έχει την καλλιέργεια, η οποία παρουσιάζει κάποια ανάκαμψη. Όμως, μετά την απελευθέρωση, πολλοί κάτοικοι αφήνουν το νησί μεταναστεύοντας ή ακολουθώντας το ναυτικό επάγγελμα.
Τον Αύγουστο του 1953 μεγάλοι, καταστρεπτικοί σεισμοί ερειπώνουν το μεγαλύτερο μέρος της Ιθάκης, καταστρέφοντας ολόκληρους οικισμούς και προξενώντας ανυπολόγιστες ζημιές. Αμέσως όμως αρχίζει η ανοικοδόμηση του νησιού, με την αποφασιστική δράση του τότε δημάρχου Νικολάου Κολυβά και με σημαντικότερους πόρους τα εμβάσματα των ναυτικών και των μεταναστών, τα κρατικά δάνεια και την οικονομική συμμετοχή ιδρυμάτων και προσωπικοτήτων από ευρωπαϊκές χώρες. Η μείωση του πληθυσμού εξακολουθεί σταθερά, για να σταθεροποιηθεί τα τελευταία χρόνια γύρω στις 3.000.
Ιστορικό Αρχείο Ιθάκης
Το αρχειακό υλικό του Ιστορικού Αρχείου Ιθάκης απαρτίζεται από 1.500.000 περίπου έγγραφα, που καλύπτουν μια ιστορική περίοδο από τις αρχές του 17ου αιώνα. Δεν πρόκειται για κάποιο «μεγάλο αρχείο», αλλά έχει μία ιδιαιτερότητα, που αξίζει να προσεχτεί. Έχει το προνόμιο να είναι από τα πληρέστερα –αν όχι το πληρέστερο- από τα Τοπικά Αρχεία των Ιονίων νήσων. Η πληρότητα αυτή και η διαφύλαξή του μέσα στο πέρασμα τόσων αιώνων και σε συνθήκες ιδιαίτερα δύσκολες (πολιτειακές μεταβολές, ταραχώδεις πολιτικές περίοδοι, πόλεμοι, σεισμοί) οφείλεται αποκλειστικά σχεδόν στην αυξημένη ιστορική και πολιτιστική συνείδηση των Θιακών. Το πλούσιο αυτό υλικό, ύστερα από έναν πρώτο διαχωρισμό και εργασία που έγινε την τελευταία δεκαετία υπό την επιστημονική εποπτεία του Εθνικού Ιδρύματος Ερευνών, χωρίζεται στις ακόλουθες ενότητες:
α) Αρχείο Διοικήσεων (Αρχείο Βενετικής Διοίκησης, Αρχείο Διοικήσεων της εικοσαετίας 1797-1817, Αρχείο Διοίκησης του Ελληνικού κράτους
β) Αρχείο Νοταριακό
γ) Αρχείο Ληξιαρχικό
δ) Αρχείο Εκκλησιαστικό